Der Name der Messe ist dem heiligen Kilian, dem Schutzpatron Frankens gewidmet. Ursprünglich für Mitte August genehmigt, verschob man die Messe bald wegen des ungünstigen Termins in der Erntezeit auf den Kilianioktav vom 8. bis 27. Juli, zumal zu dieser Zeit mit regem Besuch aufgrund der vielen Pilger zu rechnen war.

Erste Verkaufsstände, die der Bischof und das Domkapitel als Lehen vergaben, wurden vor dem Dom aufgebaut. Krämer boten ihre Waren an, Wachszieher ihre Kerzen, Blumenhändler grüne Kränze. Zu den Fieranten gesellten sich Gaukler, Zauberkünstler und Schwertschlucker und zeigten ihre Künste. Im Jahre 1846 trennte man infolge des sich ständig mehrenden Kiliani-Treibens die Verkaufsmesse von der Schaumesse - das Kiliani-Volksfest war geboren.

Bis 1924 wurde es auf dem Sanderrasen abgehalten und dann auf den Viehmarktplatz am linken Mainufer zwischen der Alten Mainbrücke und der Friedensbrücke verlegt. Nach der Zerstörung Würzburgs am 16. März 1945 wurde das Fest Schritt für Schritt wieder aufgebaut und es wurden immer neuere und kostspieligere Attraktionen geboten. Heute zählt das Kiliani-Volksfest zu den bedeutendsten Volksfesten in Bayern.