Ursprünglich wurde an dieser Stelle zur Sühne von der Bürgerschaft eine Kapelle errichtet. So blieb der Bau ohne pfarrkirchliche Rechte und trägt den Titel "Kapelle". Auch die "Kramläden", die bis heute existieren, enstanden bereits 1437. 

In den Bogenfeldern der Portale findet man reiche plastische Bauzier. Besonders erwähnenswert sind hier die Figuren Adam und Eva, angefertigt von Bildhauer Tilman Riemenschneider. Sie wurden im Jahr 1975 durch Kopien ersetzt. Die Originale sind im Museum für Franken zu besichtigen. 

Nach dem Brand im Jahr 1945, bei dem der gesamte Dachstuhl und die hölzerne Inneneinrichtung verbrannten, wurde die Marienkapelle komplett neu ausgestattet.

Auf den Altären befinden sich vier Tafelgemälde von 1514. Bedeutend ist hier die Silbermadonna über dem Altar des nördlichen Seitenschiffes, geschaffen 1680 von Johann Kilian.

In den Seitenschiffen finden sich zahlreiche Grabmäler fränkischer Ritter und Würzburger Bürger, darunter auch das Grabmal des Konrad von Schaumberg († 1499) von Riemenschneider.

Beim Marktportal weist eine bronzene Gedenkplatte auf die Grabstätte des großen Barockarchitekten Balthasar Neumann (1687 – 1753) hin.